Dalam rangka melaksanakan Peraturan Pemerintah Nomor 60 Tahun 2008 tentang SPIP, Mahkamah Agung telah membangun Sistem Pengendalian Intern Pemerintah (SPIP) melalui kebijakan Surat Keputusan Ketua Mahkamah Agung No : 151A/KMA/SK/IX/2011 tentang Penyelenggaraan Sistem Pengendalian Intern di Lingkungan Mahkamah Agung dengan membentuk Satgas SPI pada masing-masing unit Eselon 1 melalui Three lines of defence (Pertahanan tiga lapis).
Pertahanan lapis pertama dilakukan melalui survey pelayanan publik untuk mengevaluasi secara berkala atas standar operasional prosedur yang telah dilaksanakan di Lingkungan Peradilan untuk diperoleh saran perbaikan dalam peningkatan kualitas pelayanan pada pencari keadilan dan beberapa pengadilan telah memperoleh sertifikat ISO 9001:2008.
Adapaun pertahanan lapis kedua dilakukan melalui serangkaian kegiatan sosialisasi, rapat kerja, workshop dan pelatihan yang diselenggarakan Badan Pengawasan, Pusdiklat Mahkamah Agung, para Direktorat Jenderal Badan Peradilan, Pengadilan Tingkat Banding serta dukungan dari negara donor dalam pengembangan manajemen risiko dan sistem pengawasan bagi Hakim Pengawas Bidang dan Hakim Tinggi pengawas daerah.
Pertahanan lapis ketiga dilakukan melalui peningkatan kapasitas dan kompetensi, Aparatur Pengawas Internal, baik hakim tinggi pengawas, auditor, auditor kepegawaian dan seluruh aparatur pengawasan yang diselenggarkan oleh Mahkamah Agung, Pusdiklatwas BPKP, BKN serta bekerjasama dengan negara donor.
Satgas SPIP diharapkan mampu untuk membantu efektifitas manajemen yang bertugas memantau pelaksanaan pengendalian Intern pada waktu-waktu yang ditentukan dan membantu Badan Pengawasan sebagai APIP yang bertugas untuk melakukan pengawasan pemantauan dan pengendalian di Lingkungan Mahkamah Agung dan Badan Peradilan dibawahnya, termasuk melakukan pemantauan atas kualitas hasil pemeriksaan yang dilakukan oleh aparat pengawas, sehingga terwujud pelaporan keuangan yang handal, kegiatan yang efektif dan efisien, taat pada peraturan serta iklim yang kondusif untuk mencegah korupsi atau clean goverment, memperkuat akuntabilitas yang akhirnya menciptakan tata kelola pemerintah yang baik (good governance) serta menunjang keberhasilan penerapan reformasi birokrasi di Lingkungan Mahkamah Agung.